平养的芦花鸡苗感染疾病的机会较多，特别是沙门氏杆菌病的净化工作比较困难。平养方式一般都采用网养，这样鸡不与粪便接触，染病的机会就会大大减少。平养的种鸡由于鸡群较大，发生啄肛的现象较多，特别是开产初期。因此，需要责任心很强的人员来管理鸡群。目前，一般种鸡场都采用笼养方式饲养种鸡。笼养种鸡可以充分利用鸡舍面积，增加饲养容量，卫生条件好，管理方便，种蛋比较清洁，蛋壳受污染的机会少。

        种蛋破损率也较低。例如，用小群种鸡笼（俗称配种笼）饲养，一般养24只母鸡和2～3只公鸡，公母混养，自由交配。无需设置产蛋窝，母鸡产蛋直接滚到网底的集蛋槽上，定期收集种蛋。这比平养自由交配的种鸡要优越得多。当然，平养禽雁鸡苗的一些缺点如蛋的破损率、鸡的伤亡率较高等仍然存在。种鸡笼养实行人工授精，是当今最先进的繁殖方法。这种配种方式可以大大减少种公鸡的饲养量，充分利用种用价值高的优秀公鸡，大大降低公鸡的饲养成本，能够更充分地利用鸡舍面积，公母鸡的伤亡率都较低，公母比例可从平养时的1：10～15扩大到1：35～40，并且可以按照供种需要随时提供受精高的种蛋。